Gratkowski wurde 1963 in Hamburg geboren. Nach Beginn seines Studiums an der Hamburger Musikhochschule machte er 1990 seinen Abschluss an der Musikhochschule in Köln. 1988 wurde er Mitglied im Workshop Ensemble von Muhal Richard Abrams, danach war er Mitglied in Georg Gräwes GrubenKlangOrchester und gründete mit Gräwe und Achim Kramer ein Trio. Er arbeitete als Mitglied diverser Ensembles, darunter das Klaus König Orchester, die musikFabrik NRW, das Tony Oxley Celebration Orchestra und die WDR Bigband. Seit 1992 arbeitet er mit Pianist Gräwe in einem Duo zusammen, 1995 gründete er zusammen mit Melvyn Poore und Hans Schneider das Gratkowski Chamber Trio. Sein Spiel ist von Steve Lacy, Evan Parker and Anthony Braxton beeinflusst. Er arbeitete mit zahlreichen Grössen des Jazz, darunter Peter Kowald, Ray Anderson, John Butcher, Kenny Wheeler und Louis Sclavis.